정신이 든 알렉스가 깨어난 곳은 피칠갑이 된 어느 방이었다. 혼미한 정신을 붙잡고 보니 홀로웨이가 보이길래 알렉스는 엘을 구하지 못해 죄송하다고 사과한다. 그러자 홀로웨이는 가족이 얼마나 중요한 건지 떠들기 시작하더니 가족을 보호하기 위해선 뭐든지 해야 한다고, 그래서 딸을 희생시켰다고 밝힌다. 알렉스는 경악하며 홀로웨이를 직시한다.
존경받던 셰퍼드스 글렌의 설립자들은 사실 사일런트 힐의 종교로부터 도망친 자들이었다. 그러나 신의 저주가 두려워 교단과 다시 접촉해 신에게 작은 희생을 치르는 대신 저주를 피하는 계약을 맺었다. 바로 아이들의 희생이었다.
50년에 한 번씩 설립자 가문들은 직접 선택된 아이 하나를 죽여 신에게 바쳐야 했다. 바틀렛도, 피치도, 홀로웨이도 그리 했다. 하지만 애덤 셰퍼드는 모종의 이유로 알렉스를 죽이지 못했고 마을은 저주를 받게 된 것. 홀로웨이는 이제 알렉스를 죽이고 신의 노여움을 풀고자 한다.
바틀렛과 피치가 죄책감 때문에 미쳐버렸던 것과 달리 홀로웨이는 직접 자녀살인을 정당화하고 있었다. 마을에 교단병이 나타난 것도 실은 홀로웨이가 직접 교단에 병력을 요청한 것이었다. 홀로웨이가 알렉스를 처음 만났을 때 반갑다고 얘기했던 것은 어쩌면 드디어 알렉스를 죽이고 저주를 풀 수 있게 되었다고 기뻐했던 걸지도 모르겠다.
홀로웨이는 알렉스를 죽이고자 드릴을 들고 허벅지를 갈아버리기 시작한다. 일자 드라이버가 달린 드릴이 허벅지를 헤집는 동안 QTE를 성공시켜 스트랩을 풀어버리면 홀로웨이의 손을 붙잡고 드릴을 그녀의 턱에 꽂아버릴 수 있다. 단순히 죽이는 게 아닌 고통을 주면서 천천히 죽이려고 한 것에서 홀로웨이의 인성이 드러난다.
허벅지가 너덜거릴 게 분명하지만 다행히 알렉스는 멀쩡히 걸어다닐 수 있다. 윌러 때와 달리 무기는 모두 빼앗긴 상태. 우선 방에서 지도, 영양드링크, 구급상자, 의식용 단검을 회수한다. 무기는 여기저기 흩어져 있다.
212호실로 이동해 교단병을 처치하고, 방 한가운데에 묶인 시신의 몸에 꽂힌 쇠파이프를 회수한다. 옆 유리창을 깨고 넘어가 교단병을 하나 더 처치하고 CCTV 모니터가 있는 곳에서 섹터 3 열쇠와 Mk 23 핸드건을 회수한다. 캐비넷에서 샷건 탄약까지 회수한 뒤 섹터 3 방향으로 이동한다. 도중에 교단병 2명이 등장한다.
섹터 3 방향의 문을 열쇠로 열고 넘어가 4개의 문 중 하나를 쇠파이프로 따고 들어간다. 안에서 잡담 중이던 교단병 2명을 처치하고 320호실로 향한다. 접근하면 엘의 비명소리가 들린다.
홀로웨이의 부탁으로 불순종하는 딸에게 본보기를 보여주려던 커티스가 원형톱을 들고 엘을 위협하고 있었다. 왼쪽 펜스를 넘어가 냉장고를 밀고 방문을 따고 들어가면 커티스가 알렉스를 발견하고 톱을 들고 뛰어온다.
커티스의 패턴은 일반 교단병과 비슷하다. 공격은 회피하고 공격속도가 빠른 단검으로 공략해주면 금세 쓰러트릴 수 있다. 엘을 구해주고 나가기 전에 방에서 영양드링크, 구급상자, 301호실 열쇠를 입수하자. 이제부터 엘이 동행하지만 무기가 없기 때문에 도움은 안 된다.
방을 나서면 교단병 2명이 덤벼오는데, 그중 하나가 라이플을 들고 있다. 협공당하면 좋지 않으니 문으로 돌아가 한 번에 하나씩 들어오도록, 아니면 권총으로 라이플부터 처치하자. 301호로 가면 빼앗긴 아이템들을 회수할 수 있다. 아쉽지만 탄약은 그대로 돌려주지 않는다. 방 안에 권총 탄약*2, 영양드링크, 세럼이 있으니 챙겨준다. 옆 유리를 깨고 302호로 들어가 냉장고에 있는 구급상자까지 챙겨 섹터 1로 들어가자.
밸브 도어를 넘어 113호실에 들어가면 경찰 지정사수 소총이 놓여있다. 라이플의 상위 티어 버전. 옆에는 샷건 탄약이 있다. 옆 유리창을 깨고 112호실에 들어가면 윌러가 붙잡혀있다.
데퓨티 윌러도 알렉스나 엘처럼 의자에 묶인 채 치명상을 입은 상태. 몸에 식칼이 4자루나 꽂혀있는데 죽지 않은 게 용할 정도다. 알렉스가 손을 대보지만 윌러는 순간 정신을 차렸다가 금세 기절해버린다. 척 봐도 좋지 않은 상태. 그를 구하거나 늦었다고 생각하고 포기할 수 있다. 내버려둔다면 옆에 있는 구급상자를 입수 가능. 구하려고 한다면 이걸 사용해버린다. 이 선택은 엔딩 분기에 영향을 주는 마지막 선택이다.
윌러에게 응급처치를 해줘도 그는 당장 일어나지 못하고 끙끙거리는데, 알렉스는 스트랩조차 풀어주지 않는다. 엘조차도 한 마디도 반응하지 않는다. 좀 더 신경써줬으면 좋았을 부분.
방을 나서려고 하면 알렉스가 엘에게 윌러를 돌봐주다 함께 빠져나가라고 얘기하고, 혼자서 111호실로 넘어간다. 이후 다시 돌아가려고 하면 문이 잠긴다. 교단병을 막기 위해 잠근 듯.
111호실에는 이 게임의 마지막 세이브포인트가 있다. 다음 방으로 넘어가면 바닥에 퍼즐이 깔려있는 넓은 공간이 나온다. 2개의 링과 3개의 원, 그 중 하나엔 피치 박사의 물건이 놓여있다. 알렉스는 그 자리가 피치 가문의 자리라 추측한다. 방 안에는 4개의 기둥이 있고, 의식용 단검을 꽂아 돌릴 수 있는 홈이 파여있다. 이를 돌릴 때마다 왼족 벽에 숨겨져있던 문구가 드러나는데, 각 문구는 각 가문이 신에게 아이를 바치기로 한 맹세의 약속이 기록되어 있다.
힌트는 해당 기둥과 문구의 위쪽에 있는 2개의 문양이다. 기둥의 문양은 안쪽 링, 문구의 문양은 바깥쪽 링에 각각 그려져 있으며 이를 일치시키면 퍼즐이 풀린다. 피치 가문의 칸을 기준으로 삼으면 된다.
그럼 앞쪽에 있는 커다란 문의 작은 퍼즐을 조작할 수 있게 된다. 첫 번째 퍼즐엔 셰퍼드 가문의 문양이 없었기 때문에 이 작은 퍼즐을 셰퍼드 가문의 것과 일치하게 조작하면 된다.
4개의 석관이 놓인 커다란 공간. 각 석관엔 4개의 설립자 가문에서 희생된 아이들의 이름이 새겨져 있었다. 노라 홀로웨이, 조이 바틀렛, 스칼렛 피치. 그리고 알렉스는 셰퍼드 가문의 석관에서 자신의 이름을 발견하고 그 순간 모든 기억을 되찾는다.
밤 중에 아무도 몰래 호수로 조쉬를 데리고 나온 알렉스는 동생이 아빠에게 들키면 혼날 거라고 걱정하는 걸 놀린다. 사실 알렉스는 부모의 사랑을 독차지하는 조슈아에게 열등감을 느끼고 있었고 이런 사소한 행동들을 통해 자존감을 채우고 있던 것. 조쉬는 겁먹은 것도 아니고 아빠를 무서워하는 것도 아니라며, 그렇다면 왜 아빠가 자신에게 이 반지를 줬겠냐면서 목걸이로 걸고 있던 가문의 반지를 꺼내 보여준다.
애덤이 절대 누구에게도 보여줘선 안 된다고 했던 걸 어겨버린 조쉬. 결국 애덤의 걱정대로 알렉스는 열등감이 폭발하며 반지를 냉큼 낚아채 조쉬를 약올리기 시작하고, 조쉬는 돌려달라며 반지를 붙잡고 잡아당긴다. 그러나 형의 힘을 이기지 못한 조쉬는 튕겨나가며 뱃전에 뒷목을 부딪치고 호수에 빠져버린다.
이 사실을 알게 된 애덤은 보트를 빌려 조슈아를 찾아 꺼냈지만 이미 늦은 뒤. 알렉스는 그럴리가 없다며 현실을 부정하며 조슈아를 구할 수 있다고 중얼거린다. 바로 그 시간이 새벽 2시 6분이었다. 셰퍼드스 글렌의 시간이 멈춘 그 순간이다.
모든 사실을 깨닫고 심히 괴로워하는 알렉스. 자신의 동생은 죽었다. 사고였지만 자신이 죽인 것이나 다름없었다. 그 충격으로 알렉스는 기억을 잃고 자신이 조슈아를, 그리고 사람들을 구할 수 있는 군인이라고 믿기 시작했다. 애덤은 미쳐버린 그를 정신병원으로 보냈다. 어쩌면 이제부터 저주받을 마을에서 알렉스만이라도 살리기 위한 조치였을지도 모른다.
이미 모든 일은 그르쳐진 뒤였다. 계약은 깨졌고 그 대가로 마을에 크리쳐가 나타나기 시작했으며 바쳐진 아이들은 증오로 인해 괴물로 현현했다. 홀로웨이와 커티스는 신의 분노를 잠재우고자 교단과 함께 셰퍼드스 글렌의 사람들을 모조리 신에게 바치고 있었다.
알렉스가 그토록 구하고자 했던 조슈아 셰퍼드는 이미 이 세상 사람이 아니었다. 그동안 본 것은 모두 그의 망상에 지나지 않았다.
그런 알렉스를 둘러싼 그 공간이 이면세계로 변하기 시작한다. 그리고 가문의 반지를 매개로 등장한 최종보스, 앰니언. 초반에 봤던 거미와 병정 사진을 기억하는가? 바로 이 장면을 암시한 것이었다. 놈은 거대한 기계팔로 거미처럼 이동하며 성큼성큼 다가온다.
앰니언은 알렉스와 약간 거리를 두고 공격한다. 거리를 벌린다고 해도 다리가 길기 때문에 사실상 지근거리나 마찬가지. 공격을 회피하면서 안쪽으로 파고들어 단검으로 본체를 베어야 한다. 아니면 놈이 토사물을 쏠 때 옆으로 피해서 가진 총알을 전부 퍼부어주자. 다리에 맞으면 튕겨나가니 본체만 정확하게 노린다.
충분한 피해를 주면 2페이즈로 넘어가면서 본체가 대롱대롱 매달리게 된다. 이제부터 앞다리를 내려찍는 패턴을 회피하면 바닥에 다리가 걸려 잠깐 덜커덕거리는 타이밍이 나온다. 이때 들어가서 칼로 베다보면 마무리 QTE가 뜬다. 마지막 보스치곤 그렇게 어려운 상대는 아니다.
알렉스는 놈의 배를 갈라버리고 거기거 조슈아가 떨어져내린다. 본체를 잃은 앰니언은 뒤로 나가떨어져 마치 거미처럼 다리를 오므리며 죽어버린다.
당연하지만, 앰니언의 정체는 조슈아였다. 거미를 좋아하던 조슈아. 바다에 빠져 익사한 그가 숨을 쉬고 싶고 보호받고 싶다는 욕망이 임산부의 배 안에 들어간 채 호스로 연결된 그로테스크한 모습으로 구현된 것이었다. 알렉스는 조슈아의 시신 앞에 서서 참회한다. 가문의 반지와 손전등을 그의 가슴 위에 올려놓고 거듭 미안하다고 속삭이는 형. 알렉스는 그제서야 동생의 죽음을 받아들이고 그를 마음에서 놓아준다.
이후의 장면은 분기에서 어떤 선택을 했느냐에 따라 달라진다. 엄마의 고통을 덜어주고, 아빠를 용서하고, 윌러를 구해줬다면 굿 엔딩이다.
벙커를 빠져나온 알렉스는 엘과 다시 만나 포옹한다. 윌러는 어디갔는지 안 보이지만, 두 사람은 서로를 부축하며 안개 속 거리를 나선다.
초반에 알렉스가 병원에서 붙잡혀가던 장면은 각 가문의 자녀살인 방식을 상징한다. 땅에 묻고, 칼로 난도질하고, 목을 졸라 질식사시키는 것. 셰퍼드 가문은 익사의 형태이기 때문에 배드엔딩으로 간다면 알렉스는 아빠에 의해 물에 잠겨 익사한다. 본작에서 일어난 모든 일은 알렉스의 꿈이고, 예정대로 알렉스가 죽어 언제나처럼 셰퍼드스 글렌을 지키는 엔딩이다.