보안 로봇에 의해 다시 자신의 감방으로 끌려들어온 제이콥. 그 모든 고생을 하고 다니 원점으로 돌아온 사실에 제이콥은 좌절해버린다. 다니의 말처럼 모든 시스템이 차단된 상태라면 예전 같은 행운도 기대하기 어렵다. 그러나 제이콥이 감방에 던져지고 얼마 지나지 않아 곧 의외의 인물이 그에게 말을 걸어온다. 바로 말러 박사였다.
말러는 제이콥에게 자신이 있는 교도소 중앙의 연구소로 오라며 다니를 구하고 소장에게 갈 수 있는 방법을 알려주겠다고 약속한다. 목에 칩을 쑤셔박을 땐 언제고 이제 와서 도움이 필요하냐며 이죽거리지만 다른 방법이 없는 것은 사실. 말러도 제이콥의 도움이 절실해보인다.
보안 로봇의 경로도 바꾸고 제이콥이 안전하게 통과할 수 있도록 금지 구역을 통해 오라며 길을 알려준다.
밖으로 나와 오른편의 보안실 P341로 가자. 어둠이 내려앉은 교도소는 적막 그 자체다. 적어도 이 위치에서 교도소는 그다지 바이오파지에 노출된 것처럼 보이진 않는다.
보안실에 접근하면 말러가 잠긴 문을 열어준다. 안으로 들어가면 통로에 상자가 있는데 패러사이트가 든 것이므로 건드리지 말자. 다음 방으로 들어가면 리포지가 있는 데이터 센터 B310이다. 유리 선반을 깨 보급품을 입수하고, 팬옵티콘 감시실 B330으로 가는 문의 망가진 게이트 퓨즈를 제거한 뒤 서버실로 들어가자.
서버실에는 투헤드가 있다. 방 안에 이리저리 설치된 서버를 장애물 삼아 투헤드를 처치하자. 다행히도 다른 적들은 등장하지 않는다. 처치 후 시체에서 CPU 프린터를 입수하고 구석에서 게이트 퓨즈를 챙겨 팬옵티콘 감시실로 진행한다.
넘어오자마자 왼쪽에서 보급품 상자를 확인. 오른쪽 통로는 면회실 복도다. 오른쪽 막다른 길에 있는 콘솔 위에서 CPU 프린터를 입수할 수 있다. 이 2개의 환금 아이템은 방금 리포지에서 팔아버리고 업그레이드에 투자하고 가자.
면회실 복도를 가로지르다보면 콜의 홀로그램이 나온다. 언제나처럼 뻔한 소리를 늘어놓는가 싶더니, 도중에 제이콥의 이름을 부르며 마치 그를 지켜보고 있는 것처럼 말한다. 오른편의 창문을 보다보면 제이콥의 감방도 나온다. 원래는 무려 방 안에서 면회를 하는 모양.
왼쪽의 문을 따고 넘어가야 하는데 그 전에 먼저 복도 끝까지 들어가보자. 창살 건너편에서 그런트 한 마리가 바닥의 환풍구를 타고 이쪽으로 넘어와 덤벼온다. 초반과 똑같은 죄수 그런트지만 훨씬 강력하기 때문에 촉수를 쏴도 한 방에 제거되지 않을 수 있다. 그럼 숫자가 쌓이면 위험해지므로 주의해야 한다. 하나 잡으면 하나가 추가로 등장한다.
마지막 감방은 유리창이 깨져있어서 안쪽에 놓여있는 일지: 관찰(1/4)을 입수할 수 있다. 생존에 대한 강한 의지를 보여주는 죄수 하나를 프로그램에 투입하기로 결정한 내용이다. 생체실험이 어떻게 진행되었는지 엿볼 수 있는 부분.
정신과 블록 1 A320 방향으로 진행하자. 복도와 방에서 전조 없이 그런트들이 튀어나오므로 대비하고 있자. 제이콥은 이쪽 시설은 교도소의 다른 부분보다 더 오래된 것 같다는 혼잣말을 한다. 가다보면 앞쪽에서 빅마우스와 익스플로더 2마리가 등장한다.
계속해서 등장하는 적들을 처치하며 복도 끝까지 들어가면 계단을 통해 내려갈 수 있다.
아래층 복도도 끝까지 들어가 왼편의 영안실 A222로 가야 한다. 역시 도중에 그런트들이 다수 출몰한다. 오른편에 회복 주사가 든 박스가 있으니 확인하자. 막혀있는 복도 끝에는 순정 에너지 변환기가 있다.
영안실에서도 적이 다수 등장하고, 다시 복도로 나와도 앞쪽에서 익스플로더와 빅마우스가 등장한다. 다행히 영안실 안에 가시벽이 있으니 적극 활용해주자.
복도 쪽 길은 이제 막혀있다. 생물재해 창고 A230으로 들어가자. 안에서 등장하는 그런트를 처치하고 사다리를 타고 내려가야 한다.
진행 방향인 통로 M150 방향은 게이트 퓨즈가 필요하다. 반대쪽인 정신과 블록 1 A140 방향으로 접근하면서 튀어나오는 그런트들을 제거하고, 환풍구를 그립으로 뜯어낸 후 들어간다.
말러 박사가 다니의 상태가 나빠지고 있으니 서두르라며 재촉한다. 환풍구에서 나오자마자 보이는 폐기물 박스 위에서 일지: 잃어버린 것(2/4)을 입수할 수 있다. 저번 일지에서 프로그램에 투입된 실험체가 우리가 익히 아는 그런트로 변하고 있음을 기록한 것이다.
다른 방에서 게이트 퓨즈를 입수하고 다시 환풍구 전 통로로 돌아가기 위해 컨트롤박스를 망가트리고 넘어가자.
통로 M150 퓨즈박스에 퓨즈를 넣고 넘어가면 리포지가 있는 방이 나온다. 말러 박사에 의하면 이제 거의 다 온 모양. 바이오파지 때문에 구분하기 힘들지만 왼쪽을 보면 중이층 M123으로 가는 문이 보인다. 예전에 보안 로봇을 피해 도망쳤던 바로 그곳이다.
그립 배터리를 최대화하는 방향으로 업그레이드를 진행해주자. 리포지에서 정비를 마친 뒤 중이층 방향으로 넘어가자. 문을 열자마자 상자가 있는데, 안에는 패러사이트가 들어있을 뿐이므로 그냥 무시하고 지나가자.
아래로 내려가면 빅마우스가 등장한다. 복도 좌우로 커다란 팬이 돌아가고 있는데 여기다 던져버리면 갈아버릴 수 있다.
복도 방향으로 나가면 앞에서 투헤드가 등장한다. 투헤드 외에도 익스플로더와 그런트 등이 등장하기 때문에 조심해야 한다. 그런트는 중이층 여기저기에 설치된 팬이나 가시벽에다 바로바로 던져버리고 투헤드에 집중하자. 처치하면 CPU 프린터를 입수할 수 있다.
투헤드를 끝장내면 왼편에 있는 연구실 체크포인트 R001로 들어갈 수 있게 된다. 이 문 너머에 있는 상자 또한 패러사이트가 들어있는 함정.
파란 조명이 들어온 게이트를 통과해 넘어가면 수많은 그런트가 고깃덩어리가 된 채 널브러져 있는 곳이 나온다. 오른편에서 순정 해독기를 입수하고 전진하면 터렛 방어 시스템이 잠시 해제된다. 이 너머가 바로 말러 박사의 연구실이다.
복도에 들어서자마자 오른쪽에서 일지: 실험(3/4)을 입수할 수 있다.
앞으로 쭉 달려 들어가면 드디어 연구실. 좌우로 수많은 연구의 흔적이 보인다. 오른편에는 아직 살아있는 죄수들의 모습까지 보이는데 제이콥은 감염자가 괴물로 변하는 시간을 측정하려는 것이라 판단한다.
다음 방으로 넘어오면 감염체 하나가 낱낱히 해부된 모습으로 박제되어 있는 것이 보인다. 가까이 다가가면 제이콥이 왼쪽에서 말러 박사가 쓰러져 있는 다니에게 무언가 주사하려는 것을 발견하고 달려가 막는다. 다니가 실험 대상이 되는 걸 경계한 것이었지만, 사실 말러는 억제제를 주사해 감염 속도를 늦추려는 것 뿐이었다. 지금까지 본 게 있기 때문에 믿을 수가 없었지만 안 믿는다고 다른 수가 있는 것도 아니었기에 제이콥은 별 수 없이 손을 내려놓는다. 다행히도 경련하던 다니는 다시 안정을 되찾는다.
그러나 제이콥은 챙겨왔던 유충 표본을 말러에게 들이밀며 진실을 요구한다. 결국 사람들을 감염시킨 것도 말러 박사였다. 박사는 자기가 얘기하는 것보다 직접 보는 게 좋겠다며, 다니가 유로파에서 본 것을 제이콥에게도 볼 수 있게 해주겠다며 그의 코어 장치에 다니의 코어 장치와의 동기화를 걸어놓는다. 그리고 그 동기화가 진행되는 동안 말러는 좀 더 근본적인 이야기를 시작한다.
이곳에 해부된 채 고정된 감염자는 바로 페이션트 제로였다. 교도소장 던컨 콜은 최초의 감염 사태가 일어났을 때 발생한 페이션트 제로를 '알파'를 이용해 재현하려는 목적을 갖고 있었다. 인류가 강력한 힘과 지성까지 갖춘 존재가 될 수 있도록, 그 변이 과정을 통제하려는 것이었다. 당연히도 이 모든 작업은 콜 혼자 한 게 아니었다. 그의 배후에는 수 세기 전부터 인류를 인도한다는 목적으로 존재해 온 비밀결사 그림자정부, 서클이 있었다.
콜의 알파는 다름아닌 페리스 대위였다. 말러 박사는 다니를 치료하려면 연구를 통해 만든 이 해독제 용액에 알파의 혈청이 혼합되어야 한다고 알려준다. 제이콥은 결국 자신을 이곳에 잡아넣은 페리스 대위를 다시 대면하고 그를 쓰러트려야만 다니를 구할 수 있다는 사실에 미묘한 표정을 짓는다.
상태가 안정된 다니는 곧 깨어날 것처럼 뒤척인다. 말러는 다니와 대면하고 싶지 않았는지, 먼저 자리를 뜨면서 자신은 이 모든 일에 책임이 있기 때문에 여길 떠날 생각이 없다는 말을 남긴다.
다행히 다니는 겉모습만 빼면 비교적 멀쩡해보인다. 오른편에서 에너지 변환기를 줍고 안쪽으로 들어가서 엘리베이터를 타고 탑 꼭대기로 올라가자. 이동하는 중에 제이콥은 로봇을 만난 이후부터 기억이 없는 다니에게 자초지종을 간략하게 설명해준다. 다니 또한 말러를 믿지 않았지만, 그녀를 믿는 것 외에는 다른 수가 없다는 데에는 마지못해 동의한다.
꼭대기에 도착하면 화려한 응접실이 나온다. 오른편 테이블 중 하나에서 이 게임의 마지막 일지: 콜의 업적(4/4)을 입수할 수 있다. 이 일지는 콜이 교도소에 바이오파지를 풀어놓기 전에 남긴 마지막 기록이다. 말러가 그동안 연구를 통해 인위적으로 재현하고자 했던 페이션트 제로를 통제된 실험환경이 아닌 자연환경에서 만들어내고자 시도한 것. 콜은 그 작업에 '칼리스토 프로토콜'이라는 이름을 붙였다. 그가 비행 덱에서 프로토콜이 중지되어서는 안 된다고 말했던 게 바로 이것이다.
앞쪽으로 계속해서 이동하며 문을 열면 별안간 타일 벽으로 가로막혀 있다. 타일 일부에 유로파 광고가 적혀있다. 무슨 일인가 싶어 뒤를 돌아보면 어느샌가 제이콥은 유로파의 거리 한 가운데로 와있다.
말러가 걸어놓은 동기화 작업이 완료된 것이었다. 그 증거로 제이콥의 코어 장치가 잠시간 푸른 빛을 띤다. 제이콥은 다니가 유로파에서 겪은 일에 대한 기억을 직접 생생하게 확인한다. 오프닝 컷신에서 뉴스로 등장했던 바로 그 장면이다.
말러 박사에 따르면, 콜은 아르카스에서의 일을 재현하기 위해 유로파에 일부러 샘플을 유출시켰다. 블랙 아이언 교도소에서도 동일한 일을 할 계획이었으므로 그 결과를 미리 확인해보고 싶었으리라. 하지만 여기서는 페이션트 제로가 발생하지 않았다. 오직 수많은 사망자들만 남았을 뿐이다.
거리 안쪽으로 들어가면 뉴스에서 다니가 걸음을 멈췄던 소녀의 시신이 나온다. 그리고 그 옆에 떨어져 있는 오르골 박스. 제이콥이 개인 감방에서도 환영으로 봤던 바로 그 오르골 박스다. 여기에 접근하면 갑자기 만신창이가 된 맥스가 튀어나와 제이콥을 제압하고 소녀의 시신을 똑바로 보라며 그의 머리를 억지로 붙잡아 고정시킨다. 제이콥은 도대체 무슨 소리를 하냐는 거냐며 소리치면서도 보랏빛 오르골 박스를 홀린 듯이 집어든다.
그러나 그의 손에 잡힌 것은 유충 샘플이었다.
제이콥은 과거를 회상한다. 두 사람이 화물선으로 나르고 있던 물건은 단순한 의약품이 아니었다. 제이콥은 그 의약품 트레이 아래에 유충 샘플이 숨겨져 있던 것을 알고 있었다. 콜로니 돔에서 의약품 박스에 숨겨져 있던 유충 샘플을 쉽게 꺼낼 수 있었던 것은 우연이 아니었다. 그러니까, 제이콥은 다니의 추궁에도 모르는 척 하고 있었던 것이다. 그가 그동안 다니에게 협력적으로 굴었던 것은 그 죄책감 때문이었던 게 분명해졌다.
그러나 제이콥은 애써 이를 모르는 척 하고 있었고 설마 자신의 무관심이 이 모든 일을 불러일으켰을 거라고 믿고 싶지 않았다. 하지만 더 이상 외면할 수 없는 것이다. 자신의 내면에서 죄책감으로 살아남은 맥스가 그 진실을 보라고 제이콥에게 강요하고 있었다.
유로파의 사람들을 죽인 것은 제이콥 본인이나 마찬가지였다. 거리에 누워있는 소녀, 다니의 여동생을 죽인 것도 바로 본인이었다.
그 끔찍한 진상을 인정한 제이콥은 다니의 기억에서 깨어나고 점점 힘을 잃어가는 다니를 발견한다. 다니가 볼 땐 제이콥이 갑자기 멍해진 것처럼 보였는지 그를 깨우려던 다니는 그가 깨어나자 더 이상 못하겠다며 다시 포기하려고 한다. 그러나 이대로 그녀를 내버려둘 수 없게 되어버린 제이콥은 다시금 다니를 다독인다. 자신이 빌미를 제공했으니 모든 걸 끝내야 한다. 결국 그는 움직이지 못할 것 같다는 다니를 잠시 내버려두고 해독제를 만들어 가져오겠다고 약속한다.
다니를 뒤로 하고 전진하면 마지막 리포지가 나온다. 여기서는 가능하면 총기 화력 업그레이드에 투자하자. 마지막 보스전은 화기 싸움이다.
이후 오른편으로 넘어가면 둥글게 이어진 복도 오른편으로 컨트롤박스로 여는 차양이 쳐져 있는데, 아직 건들지 말고 복도를 왕복하면서 다수의 보급품 박스를 부숴 만반의 준비를 해두자.
콜은 가면을 쓴 서클의 일원들과 회의 중이었다. 의견 차이를 지적하는 대사를 보니 모든 서클의 일원들이 콜이 하는 일에 동의하는 것은 아니었던 모양. 아쉽게도 더 많은 대화를 엿듣기 전에 콜이 제이콥의 등장을 눈치챈다.
콜은 제이콥에 대해 굉장히 자세하게 알고 있었다. 그의 모든 파일을 확인했고 제이콥이 어떤 사람인지도 알고 있었다. 다른 어떤 사람도 아닌 제이콥이 UJC 화물선을 끌고 운반 일을 할 수 있었던 것도 모두 콜이 의도한 일이었다. 그라면 의약품 밑에 숨겨진 유충 샘플에 대해 아무것도 모르는 체 할 거라고 생각했던 것이었다. 그리고 그 짐작은 반만 맞았다. 제이콥은 이제 모든 걸 바로잡기 위해 콜을 대면했다.
그가 이 모든 일을 추진하려는 이유는 단순했다. 인류의 미래는 저 우주 너머에 있는데 인간의 육신이 너무 나약한 것이 문제였다. 하지만 페이션트 제로의 능력을 인류가 가질 수 있다면? 인류는 다음 단계로 진화해 더 넓은 무대에서 새로운 시대를 향해 나아갈 수 있을 것이다.
사람들을 미친듯이 학살하는 게 정당화될 수 있는 일이냐며 반박하는 제이콥에게 이건 인류를 구하는 일이며 그 과정에서 사소한 희생은 불가피하다고 대꾸하는 콜. 그는 자신의 계획이 얼마나 타당한지 보여주고자 제이콥을 구인류의 대표로 칭하면서 신인류의 대표인 알파와 싸워 누가 이기는지 직접 보라는 말을 남기고 어디론가 퇴장한다.
다시금 등장한 레온 페리스는 역시나 제이콥을 수감번호로 부르며 다가온다. 처음에는 교도소장에게 불만이 많았지만 강해진 자신의 육신이 마음에 든 건지 자신에게 주어진 것은 저주가 아니라 선물이라며 콜을 찬양하는데. 그는 이제 제이콥에게 갚아줄 게 남아있다며 전투를 걸어오기 시작한다.
아쉽게도 페리스와의 싸움은 저번과 똑같다. 놈의 연속 공격을 4~5회 회피한 후 스턴 곤봉을 두들겨주다가 콤보 사격을 넣어주는 걸 반복하면 쉽게 끝난다.
하지만 결국 페리스는 압도적인 무력으로 제이콥을 제압해버리고 그를 밟아 꼼짝못하게 한 뒤 이죽거린다. 가학자 성향에 힘까지 생겨 고양감에 취한 채 제이콥을 비웃던 그는 갑자기 몸의 이상을 호소한다.
갑자기 온몸이 순식간에 불어나 그로테스크한 외형이 되어버린 페리스. 다른 바이오파지들과 마찬가지로 육신에 피해가 누적된 탓에 더 강한 형태로 변이해버린 것이었다. 페리스는 변이한 자신의 모습을 조금 살펴보더니 모든 것에는 대가가 따르는 법이라며 순순히 이를 받아들인다.
자칫 잘못하면 한 순간에 곤죽이 되어버릴 위기에서도 제이콥은 기지를 발휘해 놈에게서 벗어난다.
변이한 페리스와의 2차전이다. 어느샌가 보스전 공간이 파괴된 탓에 조명이 전부 나가고 여기저기 불길이 일어났다. 페리스는 머리에 거품 같은 보호막이 생겨나는데, 피해를 주려면 이 보호막부터 벗겨내야 한다.
거리가 멀어지면 어두워서 거의 보이지 않는데 놈은 열심히 제이콥을 향해 달려오고, 빅마우스가 쏘는 투사체를 산탄처럼 동시에 여러 발 쏘면서 공격해오므로 항상 놈의 위치에 신경쓰자.
전투 양상은 투헤드와의 싸움과 거의 똑같다. 놈이 다가와 공격하면 옆으로 회피하고 다시 거리를 벌리면서 사격하면 된다. 놈은 인간 형태일 때와 달리 단 한 번만 팔을 휘두르기 때문에 잘만 피하면 그대로 도망칠 수 있다. 싸우면서 복도에 굴러다니는 폭발 캐니스터도 이용하자. 익스플로더가 꽤 많이 등장하기 때문에 여기에 휘말리지 않도록 조심하자.
거품을 벗겨내고 머리를 계속해서 쏘다보면 거품이 다시 채워지니 참고하자. 도망다닐 때는 반벽을 넘나들며 이동해야 거리를 벌리기 쉽다. 여기저기 사망한 익스플로더가 드랍하는 보급품을 주우며 싸우자.
싱겁게 사망한 페리스. 제이콥은 징글징글하다는 표정으로 놈의 사체에 다가가 눈알에 주사기를 꽂아넣어 혈청을 해독제 용액에 섞어준다. 보랏빛이었던 해독제 용액은 주황색으로 바뀐다. 이제 이걸 다니에게 주사하면 그녀를 치료할 수 있다.
그때 어디에서 튀어나온 건지 콜이 다시 나타나 그 해독제는 자기 거라며 얌전히 내놓고 탈출정으로 가 네 목숨을 부지할 것을 제안한다. 제이콥은 당연히 이를 거부한다. 뭐든 들어주겠다는 것처럼 그러면 원하는 게 뭐냐고 묻는 콜. 바로 그 순간 다니가 달려와 죽은 자기 여동생을 살려내라며 놈에게 총을 쏜다.
아쉽게도 콜은 홀로그램이었다. 아예 처음부터 그는 칼리스토에 있지 않았다. 이렇게 위험한 프로토콜을 수행하는데 같은 공간에서 위험을 감수할 리가 없었다. 다니는 회심의 일격을 날리기 위해 무리한 탓인지 다시 바닥에 쓰러져버리지만 다행히 제이콥이 그녀에게 해독제를 주사한다. 이 해독제를 위해 극히 드물게 나타난 알파와 이번 프로토콜까지 소모해버린 콜은 의외로 크게 허탈해하지 않고 다음 프로토콜을 또 하면 그만이라며 자폭 절차를 가동시키고 사라져버린다.
하지만 콜의 말대로 탈출정이 있다면 나갈 수 있다. 금세 정신을 차리고 회복한 다니와 함께 열심히 달려서 탈출정이 있는 곳까지 가야 한다. 그러나 제이콥이 발견한 것은 단 한 사람만 탈 수 있는 탈출정이었다. 제이콥은 좌절하지만 결심하고 다니를 그 안에 밀어넣고 문을 닫아버린다.
이게 무슨 짓이냐며 소리치는 다니에게, 제이콥은 과거를 받아들이기로 했다는 일라이어스의 말을 똑같이 하면서 자신의 책임을 다하기 위해 이곳에 남겠다는 말을 전한다. 다니의 탈출정은 금세 사출되고, 제이콥은 뒤이어 들어오는 수많은 바이오파지를 상대하기 시작한다.
점점 멀어지는 제이콥을 바라보던 다니. 교도소로부터 어느 정도 멀어지자 다니도 제이콥의 코어 장치와 동기화되며 그의 기억을 읽게 된다. 그가 한 모든 것, 그리고 그가 한 모든 선택을 깨달은 다니는 외부에 진실을 전파할 수 있도록 제이콥이 건네준 유충 샘플을 다시 한 번 확인하고 그의 희생을 기리기로 한다.